10月12日，“全共斗”进入全校罢课。11月1日，大河内校长、全部学部长、评议员引咎辞职，法学部教授加藤一郎为代理校长的新学校领导班子成立。11月4日，文学部林健太郎与学生集体谈判，但失去自由，被软禁一周。12月2日，加藤代理校长提出事态解决方案，除处分文学部的学生外，基本答应学生要求，但遭到“全共斗”的拒绝。
1969年1月10日，在东京秩父宫橄榄球场召开全校师生大会，其后校方与部分学部达成协议，八学部停止罢课活动。但“全共斗”仍然拒绝，并加强防卫体制，防止强行解除安田讲堂的封锁。1969年1月18日，应校方的请求，8500人的防暴警察进入东京校园，陆续解除校舍的封锁，最后解除安田讲堂的封锁。讲堂内有500名左右的学生，并用火焰瓶、石块、桌子及椅子等对抗防暴警察，后者用高压水枪、催泪弹等攻击学生。经过35个小时的攻防，防暴警察终于在1月19日夜制服学生，被捕者374多人，其中有70名东京大学的学生。当时指挥攻击安田讲堂的警视总监秦野章，在举着双手走出讲堂向警方投降的学生中竟然看到自己的外甥、经济学部研究生嵯峨一郎（后为熊本商科大学教授）。也许镇压学生运动的原因，1971年秦野章出马竞选东京都知事，尽管有诺贝尔文学奖获得者川端康成的支持，但还是败给了革新派人士美浓部亮吉。