在商品经济的冲击下，社会结构在明中期以后开始出现某些新的变化。封建地主阶级虽然仍以地租剥削为主要收入，但有些已经插足工商业，将经商、从工和放高利贷作为增值财富的重要途径，经营地主开始孕育而生。农民因其经济中的商品经济成分不断加强而产生两极分化，有的从自耕农下降为佃农、奴仆或雇工，有的上升为富农或地主。佃农地位虽仍十分低贱，但他们与地主的租佃关系已较普遍地采用契约形式，盛行定额地租，并出现货币地租的萌芽，有的还争得了“永佃权”，使地主干预其生产的状况大为削弱或趋于消失。雇工中的短工，在万历年间已取得“凡人”的地位[45]，解除了对雇主的人身依附关系。长工虽未解除人身依附关系，但其工价已由实物转变为货币。隶属官府的轮班匠户，在嘉靖四十一年（1562年）普遍实行以银代役之后，其人身依附关系也大为削弱，获得了更大的工作自由。
明中后期社会经济的深刻变化，使明代的政治与社会风尚也随之发生了变化。在日趋繁盛的商品经济刺激下，地主阶级的胃口更加膨胀，对土地和金钱的追逐更加贪婪，生活更加荒淫奢侈，从而导致土地兼并的猖獗，租税赋役征敛的苛重，使阶级矛盾日趋尖锐，地主阶级内部的派系斗争日渐激化。封建统治益加败坏腐朽，“好逸乐”的明武宗朱厚照“嗜酒而荒其志，好勇而轻其身”[48]，不是沉湎于豹房的歌舞角觝，就是四处巡游；妄想成仙的明世宗朱厚熜，中年以后不见朝臣，不理政务，整日只知设斋醮，服丹药；“酒”、“色”、“财”、“气”俱全的明神宗朱翊钧，亲政后长期不理政事，不见朝臣，就连国家机构缺员也不理会，而只顾聚敛财货，欢饮长夜。封建专制主义统治已经难以维持高度的集权统一，封建制度对社会的控制也日渐松弛。