孙中山最初不愿与中共实行党外联合，只同意中共党员以个人身份加入国民党，意在不愿中共“独树一帜而与吾党争衡”。未料随着事态的发展，国民党人越来越感觉不安的，正是这种“党内有党”的合作方式。中共党团在国民党内的秘密运作，使国民党人深怀戒惧。本来国民党亦可采取党团的方式“回敬”中共。国民党一大所定总章中，专门列有“党团”一章，规定在秘密、公开或半公开的非党团体内组织党团，“在非党中扩大本党势力，并指挥其活动”。这与中共党团的有关规定并无二致。若此，国共双方均可能在对方党内开展秘密党团活动。邹鲁回忆，在他担任国民党中央青年部长期间，曾在广东各校员生中组织国民党党团对付共产党在青年学生中的活动；同时还派人加入共产党，去侦察对方的情形。
国民党很快发现，在组织竞争方面远非中共对手。改组后，除了党员数量急剧扩充外，其组织内聚功能并未得到增强，形式上仿效俄共组织体制，实际上仍是一盘散沙。相反，中共及其青年团在人数上虽远不及国民党，其组织内聚力却相当强，在国民党内很快形成一种“反客为主”的态势。国民党人渐渐感到，“所谓两党合作，事实上成为国民党的分子的个体与共产党整个的团体的联络，所谓国民党容纳共产党，事实上变为国民党分子不是为共产党所溶化，便是受共产党所包围。”被中共视为国民党左派的甘乃光谈到，由于中共在国民党内有党团组织的运用，国民党内的纯粹党员因松弛散漫而无法与之抗衡，其结果，“则我们常常说国民党容纳共产党分子，恐怕在事实上是共产党容纳国民党分子了”。